Они руководили ГРУ

г) о всех могущих оказаться у него данных о неправильном характере деятельности или неправильном расходовании кредитов со стороны какого-либо органа разведки или контрразведки, за исключением органов непосредственно ему подчиненных, сообщает Всероссийскому Главному Штабу или Высшему Военному Совету, по принадлежности, со своим заключением о принятии тех или иных мер для устранения обнаруженных упущений или об изменении этим органам отпускаемых на разведку и контрразведку средств».
Однако на деле это положение не действовало, а между тем обстановка на фронтах настоятельно требовала объединения усилий сложившихся к тому времени военных ведомств. Поэтому в сентябре создается единый высший военный орган страны — Революционный военный совет Республики, а затем Полевой штаб РВСР, для руководства боевыми действиями на фронтах. 8 октября Семен Иванович назначается членом РВСР, 9 октября он утвержден также членом Военно-революционного трибунала (ВРТ) при РВСР, а 24 октября — еще и военным комиссаром Полевого штаба (ПШ). С этого времени Аралов участвовал в решении всех оперативных вопросов, в составлении различных директив Главного командования и докладов о положении на фронтах Гражданской войны, подписывал все документы ПШ. 30 ноября ВЦИК образует Бюро РВСР в составе председателя Л. Троцкого и двоих членов — главкома И. Вацетиса и военкома ПШ С. Аралова. Бюро решает важнейшие вопросы безопасности страны вместе с Советом обороны под руководством В.И. Ленина. Как член ВРТ, Аралов участвовал в комплектовании трибунала личным составом, в разработке его штатов, утвержденных 25 ноября, в обсуждении и установлении процессуальных норм и т. п. Вместе с другими членами ВРТ рассматривал дела об особо важных преступлениях, совершенных высшими должностными лицами Красной армии. Таких дел в производстве трибунала в ноябре было семь, а в декабре — уже тридцать три.
Выступая 21 марта 1919 года на закрытом заседании VIII съезда партии, Семен Иванович коснулся перемен, произошедших в сентябре — ноябре 1918-го, и подчеркнул, что успехи Красной армии начались только тогда, «когда мы перешли к единому командованию, к организации центра, когда мы добились того, что центр руководил местами и они подчинялись ему».
1 ноября 1918 года заместитель председателя Реввоенсовета Республики Э. Склянский. главком И. Вацетис, член РВСР К. Данишевский утвердили штат Полевого штаба РВСР. Четырьмя днями позднее штат был объявлен секретным приказом РВСР № 197/27 и продублирован приказом № 46 по ПШ РВСР от 8 ноября. День объявления в приказе РВСР штата Региструпра в составе Полевого штаба (5 ноября) отмечается теперь как «День военного разведчика». Он был установлен приказом министра обороны № 490 от 12 октября 2000 года.
В структуре Полевого штаба было предусмотрено Регистрационное управление, на которое возложили объединение всех органов агентурной разведки, существовавших к тому времени. Это — Военно-статистический отдел Оперативного управления Всероссийского Главного штаба, Разведывательное отделение Оперативного отдела Народного комиссариата по военным делам, Разведывательное отделение Оперативного управления Высшего военного совета. Приказ № 1 по Региструпру (от 8 ноября) гласил: «Регистрационное Управление Полевого Штаба РВСР считать сформированным с 1-го ноября с. г…»
Нужно отметить, что в ноябре 1918 года в одном управлении были собраны лишь органы агентурной разведки. Войсковой (тактической) разведкой занималось Разведывательное отделение Оперативного управления ПШ РВСР, информационная служба осталась в Оперативном управлении ВГШ, а радиоразведкой ведало Управление связи РККА. В 1920-е годы один из преподавателей Академии Генерального штаба С. Савицкий, подводя итоги Гражданской войны, отмечал «несогласованность действий агентурной и войсковой разведки.
В то время, когда гражданская война придала большое значение агентуре, последняя, будучи несогласована с войсковой в едином аппарате, не смогла дать соответствующих удовлетворительных результатов».
 
Региструпр состоял из двух отделов: 1-го отдела военного контроля (то есть контрразведки) и 2-го — агентурного. В Агентурном отделе вместе с техперсоналом по штату числилось тридцать девять человек. При Региструпре были организованы Курсы разведки и военного контроля, сформированные по особому штату еще в октябре 1918 года. Разместился Региструпр в Москве на улице Пречистенка в домах №№ 35,37 и 39, где ранее размещался Оперод Наркомвоена и его разведотделение. Начальником Региструпра был назначен бывший начальник Оперода Семен Иванович Аралов, оттуда же пришло с ним и большинство сотрудников Управления. Отдел военного контроля находился в составе Региструпра всего два месяца, в декабре 1918 года он был передан ВЧК, где сменили все его руководство, большинство сотрудников и название. С января 1919 года это — Особый отдел ВЧК во главе с М. Кедровым.
9 января 1919 года РВСР в секретном приказе № 34 уточнил схему организации агентурной разведки на фронте: «В целях объединения ведения и организации тайной (агентурной) разведки в действующей армии РВСР постановил: 1) Штабам военных округов Московского, Ярославского, Западного, Уральского и Приволжского передать все органы агентурной разведки и кредит на них в соответствующие штабы фронта или армии; 2) Штабам Петроградского и Орловского военных округов продолжать вести агенту рную разведку впредь до особого распоряжения; 3) для согласования и общего руководства ведения агентурной разведки подчинить агентуру штабов фронтов и входящих в их состав армий (через штабы фронтов) Регистрационному Управлению Полевого Штаба РВСР; 4) кредит на ведение агентурной разведки штабов фронтов и округов (не входящих в состав армий) испрашивать через Регистрационное Управление».
Поскольку Семен Иванович Аралов занимал также должности комиссара Полевого штаба и члена РВСР, он практически все время находился вместе с ПШ в Смоленске, где располагались РВСР и Ставка Главкома. Поэтому в Реги-струпре появилась должность, не предусмотренная штатом. «В порядке внутренней службы и всего обихода все служащие Регистрационного Управления подчиняются тов. Павулану, который назначен постоянным заместителем начальника Регистрационного Управления» (приказ по ПШ РВСР № 47 от 8 ноября, параграф 6). Распределение обязанностей в руководстве Управления между техническим составом (консультанты) и политическим (комиссары) Аралов разъяснил в телеграмме, направленной в Москву 23 февраля 1919 года: «Штатом Региструпр предусматривался Начальник Управления и Консультант. На Консультанта возлагается специальное хозяйственное внутреннее руководство. На Комиссаров и меня политическое и выбор агентов в политическом отношении. Инструктирование же агентов и задание и поверка их знаний на консультантов. Ввиду своих частых отъездов и отсутствием из Москвы я своим приказом, а не штатом назначил заместителем тов. Павулана для решения неотложных политических вопросов. Предлагаю держаться лично штатов и приказов и работать в полном контакте и взаимодействии комиссаров и специалистов, каковое до сих пор было…» (Приказ по Реги-струпру ПШ РВСР № 15 от 23 февраля 1919 года).
Уже на следующий день после утверждения первого состава сотрудников Региструпра в нем произошли изменения: начальник Агентурного отдела В. Тарасов отбыл на фронт, а его обязанности стал исполнять с 9 ноября начальник Агентурного отделения Г. Кутырев. На посту начальника отделения Кутырева сменил его помощник В. Срывалин. Оба они — выпускники АГШ 1917 года.
19 февраля 1919 года начальник 1-го отделения 1-го отдела Региструпра Срывалин направил начальнику 1-го отдела Кутыреву доклад, в котором подробно охарактеризовал состояние агентурной работы Оперода Наркомвоена и Региструпра:
«15 февраля с.г. исполнилось десять месяцев существования органа агентурной военной разведки, начавшего свою деятельность сначала под названием “Разведывательного Отделения Московского Областного Военного Комиссариата”, затем перешедшего в ведение Оперативного Отдела Нарком-воен и ныне состоящего при Регистрационном Управлении Полевого Штаба Реввоенсовета Республики.